還有些廠家在生物肥料中加入不適量的化肥或其它添加劑，使肥料中化肥的氮、磷、鉀含量過高導(dǎo)致有效菌死亡，而失去生物肥的作用。因此在選用生物肥料時要注意產(chǎn)品質(zhì)量，防止假冒偽劣產(chǎn)品，以避免給農(nóng)業(yè)生產(chǎn)帶來不應(yīng)有的損失。 正確、合理的使用方法是發(fā)揮生物肥料作用的重要保證，要根據(jù)不同作物和當(dāng)?shù)氐耐寥罈l件等具體情況來選用不同的生物肥料。生物肥料常用于拌種、作基肥和追肥等，在使用方式上，生物肥可作葉面噴施，沾根等。總之，生物肥是發(fā)展起來的一類特殊肥料，農(nóng)民朋友在應(yīng)用中要不斷總結(jié)經(jīng)驗，注意方法，使生物肥料在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中起到應(yīng)有的作用。
四是能促進(jìn)農(nóng)作物增產(chǎn)，一般施用生物有機(jī)復(fù)合肥的比單一施用化肥的增產(chǎn)10%左右；五是能減輕農(nóng)業(yè)環(huán)境的污染，可大量生產(chǎn)無公害的食品。雖然生物有肥料有很多顯著的優(yōu)勢，但在市場占有的份額還比較有限，各地運(yùn)用情況也存在很大的差異。主要原因，有的地方反映銷售價格偏高，農(nóng)民難以承受；有的反映肥效啟動較慢，作物顯性效應(yīng)較弱；有些采用塑料大棚種菜的農(nóng)戶反映有燒苗的現(xiàn)象。
許多固氮微生物，尤其是共生固氮的根瘤菌，均有固氮酶，它們在常溫常壓下即可將氮轉(zhuǎn)化為氨，根瘤中固定的氮可以全部為植物吸收利用，所以其利用率比化學(xué)氮肥高得多。這些優(yōu)質(zhì)氮素化合物可以供給豆科植物一生中的主要氮素需要。如果根瘤菌肥料中使用的是經(jīng)過選育優(yōu)良菌種，加之制品中的數(shù)量優(yōu)勢，在與土著（野生）群體根瘤菌競爭當(dāng)中占據(jù)有利位置，不僅可以取得增產(chǎn)增收的效果，而且可以節(jié)約大量的氮素化肥。減少環(huán)境污染和節(jié)約生產(chǎn)成本。